水利部南水北調(diào)工程管理司主要職責(zé)：1. 協(xié)調(diào)落實南水北調(diào)工程有關(guān)重大政策和措施，參與重大技術(shù)經(jīng)濟問題研究。2. 組織協(xié)調(diào)南水北調(diào)工程運行管理工作，指導(dǎo)開展南水北調(diào)工程運行規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)。3. 監(jiān)督指導(dǎo)南水北調(diào)工程安全運行管理，組織開展監(jiān)督檢查。4. 組織制訂南水北調(diào)工程年度水量調(diào)度計劃并指導(dǎo)調(diào)度實施。5. 組織協(xié)調(diào)南水北調(diào)工程竣工財務(wù)決算和審計有關(guān)工作。6. 組織協(xié)調(diào)南水北調(diào)工程驗收有關(guān)工作。7. 組織協(xié)調(diào)南水北調(diào)后續(xù)工程及東中線一期剩余工程建設(shè)管理工作。8. 督促指導(dǎo)地方南水北調(diào)配套工程建設(shè)。9. 承辦部領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。