南通市市檔案局，為市委、市政府直屬正處級事業(yè)機構，市檔案館與市檔案局一個機構兩塊牌子。其主要職責是：（一）貫徹執(zhí)行黨和國家檔案工作的方針、政策和法規(guī)，制定檔案行政管理制度、工作規(guī)則、業(yè)務規(guī)范，組織、指導、檢查和監(jiān)督《檔案法》的實施。（二）對全市檔案事業(yè)實行統(tǒng)籌規(guī)劃，制定全市檔案事業(yè)發(fā)展規(guī)劃和工作計劃，并組織實施。組織、指導、檢查市屬機關、團體、企事業(yè)單位和各縣（市）區(qū)的檔案管理工作及新的社會經濟組織、重點工程等領域的檔案工作。（三）負責全市檔案事業(yè)發(fā)展的調查研究，解決檔案工作中的有關業(yè)務問題，推進全市檔案工作標準化、規(guī)范化、制度化、科學化建設，負責全市檔案事業(yè)統(tǒng)計年報工作。（四）制定全市檔案工作隊伍建設規(guī)劃，組織檔案專業(yè)教育和檔案專業(yè)干部培訓工作。負責全市檔案專業(yè)技術職務評審的有關工作。（五）組織檔案管理行政執(zhí)法檢查，依法查處違法案件，加強法制化建設，保證依法治檔工作落實。（六）組織檔案的利用、編研、宣傳、出版工作，有計劃地公布檔案史料，組織開展檔案史料陳列展覽等教育活動，向社會提供廣泛的服務。（七）集中統(tǒng)一管理市委、市人大、市政府、市政協(xié)、市紀委及市級各機關、單位的重要檔案和歷史、社會檔案資料，做好各類檔案的接收、整理、保管、鑒定、劃控、統(tǒng)計等項工作，保守黨和國家機密，維護檔案的完整與安全，組織開展檔案資源整合和館藏檔案結構改善工作。（八）負責向全社會征集散失在有關組織或公民個人手中的具有保存和利用價值的檔案資料，收集散失在國外的有關南通的檔案文件和歷史資料。（九）組織實施檔案技術保護工作。（十）指導市檔案學會開展日常工作，開展檔案學理論和檔案管理現代化的研究，組織多種形式的學術交流活動。（十一）負責全市黨政機關現行文件的收集、整理并向社會提供利用，參與《中華人民共和國政府信息公開條例》貫徹實施的組織指導、檢查工作。（十二）承辦市委、市政府交辦的其他工作。