國務(wù)院港澳事務(wù)辦公室設(shè)7個內(nèi)設(shè)機構(gòu)(正司局級)，其主要職責：(一) 貫徹執(zhí)行“一國兩制”方針和中央對香港、澳門的政策規(guī)定，執(zhí)行香港特別行政區(qū)基本法、澳門特別行政區(qū)基本法。(二) 了解香港、澳門的有關(guān)情況，提出政策建議。(三) 負責與香港、澳門特別行政區(qū)政府的有關(guān)工作聯(lián)系。(四) 承辦國務(wù)院交辦的與香港、澳門有關(guān)的法律事宜，就基本法實施涉及的相關(guān)法律問題研究提出意見。(五) 負責指導和管理內(nèi)地與香港、澳門因公往來的有關(guān)事務(wù)，協(xié)同有關(guān)部門和地方推動與香港、澳門在經(jīng)濟、科技、文化等領(lǐng)域的交流與合作。(六) 參與擬訂對駐香港、澳門中資機構(gòu)有關(guān)管理的政策，參與內(nèi)地企業(yè)和中資機構(gòu)在香港、澳門的有關(guān)協(xié)調(diào)工作。(七) 對中央駐香港、澳門機構(gòu)提出的有關(guān)事宜提供意見、建議和工作協(xié)助。(八) 承辦國務(wù)院交辦的其他事項。