嘉興市水利局與嘉興市杭嘉湖南排工程管理局合署辦公。嘉興市水利局是市政府主管水行政的職能部門，其主要職責是：(一)貫徹執(zhí)行《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等法律、法規(guī)，研究制訂水利發(fā)展規(guī)劃和有關政策；組織制訂全市主要江河流域(區(qū)域)綜合規(guī)劃和有關專業(yè)規(guī)劃，并組織和監(jiān)督實施；研究起草有關水行政管理的規(guī)范性文件草案，經審議通過組織實施。(二)統(tǒng)一管理全市水資源(含空中水、地表水、地下水)。組織擬定全市水資源開發(fā)、利用規(guī)劃和全市水資源供求計劃、水量分配方案并監(jiān)督實施；組織有關國民經濟總體規(guī)劃、城市規(guī)劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作；實施取水許可制度和水資源費征收制度；負責全市水資源監(jiān)測和調查評估；發(fā)布全市水資源公報；組織實施水文測報；指導全市水文工作。(三)組織、指導和監(jiān)督全市節(jié)約用水工作，擬定節(jié)約用水政策，編制節(jié)約用水規(guī)劃，制定有關標準；組織水功能區(qū)的劃分和向飲水區(qū)等水域的排污控制；監(jiān)督全市污水處理工作；監(jiān)測江河湖水量、水質，審定水域納污能力，并將有關數(shù)據(jù)和情況通報市環(huán)境保護局。(四)組織、指導水政監(jiān)察和水政執(zhí)法，協(xié)調并仲裁部門之間和地區(qū)之間的水事糾紛。(五)組織、協(xié)調、監(jiān)督、指導全市防汛防旱工作和水土保持工作，負責市政府防汛防旱指揮部和市水土保持委員會的日常工作；指導全市城市防洪工作。(六)編制、審查全市水利基建項目建議書和可行性報告；組織水利科學研究和技術推廣；組織、指導和監(jiān)督水利行業(yè)技術質量標準水利工程的規(guī)程、規(guī)范、定額的執(zhí)行。(七)組織、指導水利設施、河道、湖泊、海堤、灘涂、水域及其岸線的管理與保護；組織、指導河道、湖泊及灘涂的綜合治理與開發(fā)；組織建設和管理重要水利工程。(八)指導全市農村水利工作；組織協(xié)調農田水利基本建設、農村水利現(xiàn)代化和鄉(xiāng)鎮(zhèn)供水工作。(九)負責水利科技、信息、教育和對外合作工作；指導全市水利隊伍建設，制訂行業(yè)人才培養(yǎng)規(guī)劃；指導水利行業(yè)多種經營工作；監(jiān)管局直屬單位的水利國有資產。(十)承辦市政府交辦的其他事項。嘉興市杭嘉湖南排工程管理局主要職責是承擔南排工程河道的管理、清障、維護及受托開展水政執(zhí)法，維護南排工程樞紐設施的正常運行。